南水北調中線工程的主要渠道不僅是清水渠道，還是綠色渠道，與傳統河道管理不同，以前多采用鋼筋混凝土建造水庫，不顧河道周邊的生態環境，給生態環境造成了巨大破壞。目前南水北調中線工程將生態放在首位，大力開展生態林建設，開展有計劃的流域綜合治理，以生態農業為基礎，改善現代生態農業的清淤生產方式、區域生態環境。對于河道淤積的原因，應采取以下措施:
(一)流沙處理措施:河道布局應盡量避免流沙段，必須切實采取施工措施，有條件或流沙段過短可以施工，經濟條件達不到則采取大邊坡。同時施工結束時要迅速積存一定水位的水，減少地下水的滲入。清泥工程在盡量不破壞河坡草皮植被的同時，還應用水下機械清泥保持一定的水頭固坡。
(二)減少引黃蓄水堆積的措施:首先加強灌區工程和放水管理，沙含量過高引黃河水。逐步輔助和發揮灌區干旱、支、斗、農四級渠道工程，發展自流灌溉。嚴格控制混亂刮治現象，逐漸消除混水入溝后灌溉。河道引黃河水時，在沉沙池中沉沙后，利用水閘和排水工程引入河道。
(1)集成清淤方法:作為清淤的一環，應積極采用環保清淤方式，環保，成本綜合考慮，結合多種清淤方式。水流使泥土中的污染物擴散，應盡量避免或在河泥污染較輕時采用。機械泥漿中的挖泥船不僅沒有清除泥漿中污染負荷大的泥漿，反而攪動泥漿中堆積的污染物擴散污染，實際上應該在泥漿污染負荷低的河道采用。人工沖淤也要充分考慮河道結構現狀和排泥條件。大力推進生態清淤，底泥污染負荷大時，首先要進行生態清淤，降低污染負荷，保持安全范圍，然后再進行水力清淤或機械清淤。
(2)直吸式清淤:這是一種適合新型城市河流的機械清淤方法，該設備主要利用延伸到泥層的吸引口，使設備產生負壓，從河底吸引泥漿。吸入口前要加入過濾器收集泥層垃圾，使機械傳動與河道分離。這樣的設備不僅能除去大部分淤泥，還能除去淤泥中污染嚴重的淤泥，并結合使用淤泥脫水設備。這個裝置可以做成水上吸引船和水中清掃機器人的形狀，不局限于河的寬度，水位，橫穿河的構造物等要素。
